Desde su nombramiento en marzo de 1997, Baker, con la Misión de Naciones Unidas para el Referéndum en el Sáhara Occidental (MINURSO), ha colaborado con las partes para resolver el estatus del territorio.

La MINURSO ha operado en la región desde abril de 1991, cuando se desplegó después de años de lucha entre saharauis y marroquíes tras la retirada de España del territorio en 1976.

En 2003 la ONU propuso un nuevo plan de paz, respaldado por el Consejo de Seguridad como una "solución política óptima" entre Marruecos y el Frente Polisario, que hubiera dado a Baker la responsabilidad sobre un referéndum de autodeterminación del pueblo saharui, que tendría que elegir entre la independencia o la integración con Marruecos. Pero en abril Marruecos rechazó el plan de paz y propuso dar al Sáhara Occidental una autonomía limitada.